舰队编组是决定战斗效率的核心机制，合理的舰队配置需要综合思考舰船定位、指挥值分配、前后排站位以及移动速度协调。一支舰队最多可容纳300指挥值的舰船，基地更新至九级后上限提高至400。舰船位置分为前排、中排和后排，体系会根据蓝图预设的舰船定位自动分配站位，敌方将优先攻击前排单位。编组时需通过基地界面的舰队编组功能创建新舰队，命名时可结合战略意图或功能分类以便管理，例如将主力舰队和侦查舰队区分命名。

舰船类型的选择直接影响编组策略，通常分为能抗能打的前排型、高输出的中后排型以及功能型舰船。前排主推配置不少于6艘具备生存能力的舰船，如强化护甲或闪避的巡洋舰，通过数量优势形成互相掩护的防御链。中后排应优先选择火力强劲的巡洋舰或载机母舰，若指挥值不足则用驱逐舰或护卫舰补充。需注意舰队整体移动速度由最慢的舰船决定，战列舰等重型单位会显著降低机动性，因此高速舰队应限制慢速舰船的比例。

防空舰应优先部署于也许遭遇航母的战场，攻城舰适合单独组建快速拆家分队，而维修舰在后期战斗中性价比有限，仅提议在对抗低级野怪时编入主力舰队。编组方法可提前保存为模板，通过快捷编组功能快速调用，大幅提高多线作战时的调度效率。新建编队后需在属性界面确认火力、仓储等决定因素参数是否符合预期。